Campylobacter es un importante patógeno zoonótico de transmisión alimentaria y causa de preocupación debido al incremento de la resistencia a diversos antimicrobianos, en particular a fluoroquinolonas y macrólidos. En respuesta a la creciente amenaza que supone la propagación de la resistencia a los antimicrobianos, hemos utilizado un enfoque de «Una sola salud» para analizar y comparar aislados de C. jejuni y C. coli multirresistentes procedentes de casos clínicos humanos, animales sanos (rumiantes, cerdos, pollos) y alimentos de origen aviar. Las muestras se recogieron en dos hospitales, cuatro mataderos y el comercio minorista en el País Vasco en un mismo periodo de tiempo (principalmente 2021-2022). En las muestras de origen porcino solo se aisló C. coli, mientras que en el resto de las muestras se aislaron tanto C. jejuni como C. coli. El genoma completo de una selección de los aislados obtenidos a partir de las distintas fuentes (83 C. jejuni y 71 C. coli), la mayoría resistentes a ciprofloxacino y/o eritromicina, se ha secuenciado utilizando la tecnología de secuenciación de fragmentos largos de Oxford-Nanopore Technologies (ONT) para examinar su diversidad genómica, las relaciones filogenómicas y la distribución de los determinantes genéticos de la resistencia (GDR).
Los resultados mostraron una elevada diversidad genómica tanto en C. jejuni como en C. coli. El análisis filogenómico demostró que las agrupaciones basadas en el genoma central (core) coincidían en gran medida con los genotipos MLST y los aislados de origen humano estaban estrechamente relacionados con los procedentes de alimentos y de animales. Sin embargo, el contenido de genes que constituyen el genoma accesorio discriminaba algunos aislados en función del origen. Esto fue así para algunos genotipos de C. jejuni (los complejos clonales CC-22 y CC-48) y para C. coli en general, donde se vio que el genoma accesorio de los aislados humanos era más similar al de los aislados de origen aviar (alimentos y animales) que a los de las muestras de rumiantes y porcino. Estos resultados resaltan el papel del genoma accesorio en la adaptación al nicho, y sugieren que, dentro de la población estudiada, las fuentes avícolas pueden suponer un mayor riesgo de infecciones humanas por C. coli que los rumiantes o los cerdos, mientras que en el caso de C. jejuni el riesgo podría depender del genotipo. En lo que se refiere a las resistencias, la mayoría de los GDR identificados estaban presentes en aislados de distintos orígenes y no se observó ninguna asociación aparente entre la resistencia y el genotipo. Este estudio ha proporcionado, por primera vez, una visión general de la diversidad genética de los aislados de Campylobacter resistentes procedentes de diferentes fuentes en el País Vasco, constituye una prueba piloto para la creación en el País Vasco de una Red de vigilancia integrada de las bacterias con resistencias antibióticas de mayor interés en Salud Pública para abordar desde la perspectiva de «Una sola salud» su detección y análisis epidemiológico.
Este trabajo, resultado de la colaboración del Departamento de Sanidad Animal de NEIKER con los hospitales universitarios Donostia y Basurto y el Laboratorio de Salud Pública de Gipuzkoa, ha sido financiado por el Departamento de Salud del Gobierno Vasco (Ayudas a Proyectos de Investigación y Desarrollo en Salud 2019, proyecto 2019111038) y el Departamento de Alimentación, Desarrollo Rural, Agricultura y Pesca del Gobierno Vasco (proyecto URAGAN 21-00012). Los resultados detallados están disponibles en el artículo publicado recientemente en Frontiers in Microbiology.
