El tracto gastrointestinal alberga una gran población microbiana que en su conjunto se conoce como microbiota intestinal. Tal es su importancia en diversas funciones del hospedador (fisiológicas, metabólicas, inmunológicas, asimilación de nutrientes, etc.) que ya se considera como un órgano más. Diversos estudios han demostrado que mediante la modulación de la microbiota intestinal se puede mejorar la salud del hospedador, por tanto cada vez más estudios se centran en caracterizar su composición. Esto es especialmente interesante en la producción animal, donde se pueden diseñar estrategias para mejorar los rendimientos productivos y mantener un estado sanitario óptimo de los animales.
Gran parte de las especies que forman la microbiota intestinal no se han podido aislar en cultivos microbiológicos convencionales, pero gracias al rápido desarrollo de las técnicas de secuenciación masiva de última generación se pueden caracterizar de manera más eficiente poblaciones microbianas tan complejas como las que habitan el tracto gastrointestinal. En el marco de un proyecto de investigación financiado por el INIA (RTA2013-00086-00-00) y haciendo uso de estas tecnologías de vanguardia, el Departamento de Sanidad Animal de NEIKER ha llevado a cabo un estudio para investigar la microbiota intestinal en dos razas de pollo de engorde que representan dos tipos de sistema productivo avícola: una raza (Ross-308) de crecimiento rápido (alcanzan 2,5 – 3 kg en 42 días) criada en sistema intensivo, y otra (Sasso-T451A) de crecimiento lento (alcanzan una media de 2,2 kg en 84 días) criada en sistema semi-extensivo.
El estudio, recientemente publicado en una revista científica de acceso abierto de la editorial Nature (Scientific Reports – enlace), describe la compleja y dinámica estructura de la comunidad bacteriana que compone la microbiota del ciego de ambos tipos de pollos durante las distintas etapas de crecimiento, mediante el empleo de la secuenciación masiva de amplicones del gen 16S rRNA. En ambos casos se ha observado como una microbiota inmadura y poco diversa característica de las primeras etapas de vida, va dando paso a una microbiota madura más estable y compleja a medida que el animal crece, evidenciándose la edad como el factor más determinante en la composición de la microbiota cecal. Sin embargo, también se observaron diferencias importantes entre las dos razas en la riqueza y diversidad de su microbiota cecal probablemente debido a los diferentes requerimientos asociados a su distinto ritmo de crecimiento y exposición a factores externos. Así, los pollos camperos, cuyo sistema de manejo incluye acceso a pastos de hierba, albergan una comunidad bacteriana más rica y compleja que los pollos broilers, que son criados de manera intensiva y con una dieta más restringida. Una vez definido el perfil microbiano asociado a cada edad y raza, hemos podido identificar a animales con alteraciones en el ciego (tiflitis) a través de la observación de perfiles microbianos alterados y así demostrar la utilidad de la secuenciación masiva del 16S para identificar situaciones de disbiosis, lo cual puede tener importantes aplicaciones en Sanidad Animal. Adicionalmente, se han identificado géneros potencialmente correlacionados con las abundancias relativas de Campylobacter, el principal agente zoonótico alimentario, información que puede ser útil para el desarrollo de métodos de control basados en la modulación de la microbiota, con importantes consecuencias en Salud Pública.
