Hilaren 19 eta 20an, NEIKERreko Animalia Osasuneko bi ikertzaile, Tallin (Estonia)-ra hurbildu ziren Holandako Utrecht Unibertsitateak koordinatutako eta EFFORT proiektu europearraren barnean antolaturiko “Patogenoen zaintza eta erresistentzia antimikrobianoari egokitutako metagenomika” izendatutako workshop delako batera.
Ingurune-laginetan egon daitezkeen genoma guztien sekuentzia analisia bezala definitutako metagenomikak, gaixotasunen zaintza orokorra, gordailuei buruzko informazioa eta patogenoen kutsatze bideak eman diezazkiguke aditzera. Erresistentzia antimikrobianoei dagokionez, metagenometan, erresistentzia mekanismo desberdinei loturiko gene taldeak eta haien barreiadura lagungarri egiten duten elementu genetiko mugikorrak aurki ditzakegu. Metagenomikaren abantaila nagusiak zaintza metodologia klasikoen aurrean hauexek lirateke: i) ez du bakterion isolaketa beharrik, denbora errealeko zaintza ahalbideratuz, ii) Mikrobio-dibertsitateari buruzko eta lagin batetan egon daitezkeen erresistentzia mugatzaile genikoen informazioa ematen digu, iii) hizkuntza “unibertsala” erabiltzearekin bat, mikroorganismo desberdinak batera aztertzeko aukera ematen digu eta iv) elektronikoki elkar-truka daitekeen errejistro historiko batetan barneratzen dira emaitzak, zaintza global eta unibertsaleko sistema erreztuz.
Dena den, zaintza programetan, metodologia honen ezarpenak oraindik erronka ugari ditu. Ez soilik metodología erronkak, prozesuaren alde desberdinetan lorturiko emaitzen errepikapenaren gaitasunari buruzkoak (lagin mota, azido nukleikoen lorpena, liburutegi prestaketa, sekuenziazioa eta analisi bioinformatikoa), bai eta azpiegitura informatikoetan ere (sekuentzien prozesamendu bioinformatikoaren abiadura eta metatze gaitasuna) eta batik bat zaintza programa berneko testuinguru epidemiologiko batetan emaitzen interpretazioan.
Nola lagun gaitzake metagenomikak animalietatik gizakiengana edo ingurunera erresistentzien trasmisioa ebalutzen (One Helth delakora hurbilketa)? Erresistentzi gene ugarien presentzia eta antibiotikoen erabilera joriaren asoziazioa, kausalitatearen adierazle al da? Erresintentzia geneen zenbaketen datuak, erresistentzia fenotipoa duten bakterio presentziarekiko baliokideak al dira? Metagenomika ikasketetan oinarritutako zaintza, kontrol egitasmoen inplementazioan gida bezela erabiltzeko, modu standar batean informazioa epidemiologiko nahikoa jasotzea beharrezkoa litzateke, patogenoen eta erresistentzi mugatzaile genikoeen egote/ugaritasuna ikerturiko populazioan uler arazteko.
Workshop-eko atal desberdinetan, 14 herrialdeetatik bertaratutako 40 ikertzaileek, metagenomika eta erresistentzia antimikrobianoei buruzko alderdi orokorrak gainbegiratu genituen. Alderdi metodologikoei buruzko garrantziaz eztabaidatu zen (laginketa diseinu egokia, azido nukleikoen lorpenerako erauzte metodo egokiak eta sekuentziazioa), hala nola, errepikapen gaitasunari buruzko ikerketen datuen analisi bioinformatiko egokiaz eta emaitzen interpretazioaz.
NEIKERreko Animalia Osasuneko Departamenduan matagenomika darabilgu hegaztietako heste-mikrobiotan eragiten duten faktore desberdinen azterketa eta hauen eragina Campylobacter kolonizazioan ebaluatzeko. Metodologia honen aplikazioa patogenoen eta erresistentzia antimikrobianoen zaintzan, etorkizun hurbilean aztertuko genukeen zerbait da.
