Aurreko sarreretan aurreratu bezala, teknika “omikak” genoma osoen azterketan ere aplika daitezke (genomika). Organismo baten genoma osoaren sekuentziazioaren bidez, haren gene guztiak karakteriza daitezke. NEIKEReko Animalien Osasun Sailean aspalditik bakterio zoonotikoen genomak sekuentziatzen ari gara, haien determinatzaile genikoak karakterizatzeko helburuarekin , antibiotikoen aurkako erresistentziarekin zerikusia duten sekuentziak (lanen estekak: 1 ,2 , 3). Lehen azterketetan, zati laburren sekuentziazio masiboko teknikak erabiltzen jardun gara Illumina teknologia erabiliz, eta, berrikiago, Oxford Nanopore (ONT) teknologiaren bidez zati luzeen sekuentziazioa ezarri dugu.
Hala, gure azken lanean, esne-behietan, espektro hedatuko β-lactamasen (BLEE) eta AmpC zefaloporinasen ekoizlea den E. coli-ren epidemiologia sakonago aztertzeko helburuarekin, bost etxaldeetan luzera- azterketa egin da. Horretarako, hiru adin-taldetako animalietan (txahal, bigantxa eta esnealdiko behiak) hamabi laginketa egin ziren 16 hilabete arteko epean. Bertan, isolatutako E. coli-en erresistentzia-profilak aztertu ziren gutxieneko kontzentrazio inhibitzailea (CMI) zehaztuz eta haien genomak, zati luzeak irakurtzeko teknologia (ONT) erabiliz, sekuentziatu ziren. Bost etxaldeetan E. coli BLEE hauteman zen, baina isolamendu-maiztasuna eta erresistentzia-profilak etxalde eta adin-taldeen artean aldatu egin ziren, oro har, erresistentzia anitzeko anduien presentzia ohikoa izanik. Bi abeltegitan berreskuratutako isolatu batzuen genomak aztertu ondoren, bi egoera oso desberdin erakutsi zuten. G1 granjan E. coli BLEEren bi azpimota genomiko nagusitu ziren, laginketa ugaritan eta adin-talde guztietan agertzen zirenak, eta bi horiek blaCTX-M-1 genea zuten IncX1 plasmidoetan; horrek egoera endemiko bat islatuko luke, non, hedapen klonalaren ondorioz, gene gutxi batzuek baino ez baitzuten iraun landetxean aldi luze batez, erresistentzia genedun plasmidoen transferentzia baimendu zuelarik egoera honek. G4 baserrian aniztasun handia zuten anduien aldagarritasun handia zegoela ikusi zen, BLEE gene-mota ugari baitzituzten zenbait plasmido-motatan, ziur aski jatorri desberdineko hainbat kutsadura-gertaeraren ondorioz. Bi etxaldeen artean desberdintasunak nabari diren arren, E. coli BLEEren genotipo desberdinetan erresistentzia-gene kopuru bera duten zenbait plasmido-mota egoteak, baserrietan zirkulatzen duten anduien arteko plasmidoen transferentzia horizontaleko fenomenoak ohikoak direla, eta erresistentzien barreiadura errazten dutela adierazten du. Antibiotikoen erabilerak, ingurumen-hautespenaren presioak edo beste gene batzuekin batera hautatzeak gertaera horiek lagundu ditzakete. Etxaldeetan infekzioa ez sartzeko biosegurtasun-neurri egokiak eta hainbat adin-taldetako animalien arteko kontaktua mugatzen duten maneiu-protokoloak, kutsadura gurutzatua saihesteko, funtsezkoak dira bakterio erresistenteen hedapena geldiarazteko. Zaintza genomikoari aplikatutako sekuentziazio masiboko tresnak oso erabilgarriak dira etxalde baten barruan antimikrobianoen aurkako erresistentzia barreiatzearen azpian dagoen epidemiologia konplexua deszifratzeko.
Azken azterketa horren emaitza zehatzak berriki, Frontiers in Microbiology aldizkarian argitaratu dira eta kontsulta daiteke esteka honen bidez.
