Campylobacter fetus animalia-patogenoa da, eta ugaztunei lotutako bi azpiespezie biltzen ditu: Campylobacter fetus subsp. fetus (Cff) eta Campylobacter fetus subsp. venerealis (Cfv), intermedius biovar-a barne, zeintzuek ezaugarri biokimiko eta patogenizitate desberdinak dituzten. Blog honetako aurretiazko sarreretan, mikroorganismo hauek identifikatzeko metodoak ebaluatu zein hobetzeko, eta haien genoma karakterizatzeko NEIKEReko Animalien Osasun Sailak egindako azterlanei buruz hitz egin dugu. Azterlan horiek osatzeko, azpiespezie hauen plasmidoen karakterizazioaren emaitzak aurkeztuko ditugu oraingoan.
Plasmidoak garrantzitsuak dira antimikrobianoekiko erresistentzia-gene zein birulentzia-faktoreen transferentzia horizontalari dagokionean. C. fetus-en kasuan, plasmidoak gutxi aztertu dira orain arte eta gehienak partzialki bakarrik sekuentziatu dira, horrek hauen azterketa mugatzen duelarik. SERIDA, SALUVET eta Utrechteko Unibertsitatearekin elkarlanean egindako lan honetan, C. fetus isolatu espainiarren plasmidoen sekuentzia osoak sekuentziatu ziren, bai eta datu-base publikoetan eskuragarri dauden C. fetus zein Campylobacterales ordenako beste kide batzuen plasmidoen sekuentziekin alderatu ere.
Espainiako C. fetus isolatuen plasmidoen tamaina 4-50 kb artekoa zen. Handienak nagusitzen ziren, zeintzuk konjugatiboak izan zitezkeenak eta elementu genetiko mugikorrak zituzten. Plasmidoen eduki genikoaren azterketa konparatuak agerian utzi zuen harreman genetiko estua zegoela Espainian isolatutako C. fetus-en plasmidoen eta beste herrialde batzuetakoen artean, eta, aldi berean, argi eta garbi bereizten zirela Campylobacter espezieko beste espezie batzuetako plasmidoetatik. Gainera, C. fetus-en plasmidoak bi kluster nagusitan bildu ziren, jatorri geografikoa edo leinua gorabehera (Cfv vs Cff).
Lan honetan zehar agerian geratu da genomika konparatua plasmidoen arteko aniztasun genetikoa identifikatzeko tresna indartsua dela. C. fetus-en plasmidoen sekuentzia osoen azterketa sakonak espezie ostalariaren espezifikoak direla iradokitzen du, bai eta jatorri geografiko zein leinuak ez daukatela zertan eraginik izan taldekapenean. Bestalde, elementu genetiko mugikorrak daramatzatela ere iradokitzen du, birulentzia-geneen trukaketan bitartekari izan litezkeenak, besteak beste transposasak. Gainera, markatzaile genetikoak identifikatu dira (erlaxasaren, erreplikasaren eta SSBren gene kodetzaileak), eta emaitza oparoak eman dituzte C. fetus-en plasmidoen aniztasuna argitzea ahalbidetuko duen sailkapen-eskema bat garatzeko. Emaitza horiek C. fetus-en plasmidoen eboluzio-dinamika eta inplikazio patogenikoak hobeto ulertzen lagun dezakete.
MCIN/AEI/10.13039/501100011033 eta FEDER (RTA2017-00076-00-00 proiektua eta Pre2018-086113 doktoratu aurreko beka) enpresek eta Eusko Jaurlaritzako Ekonomia Garapen, Jasangarritasun eta Ingurumen Sailak (URAGAN 21-00012 proiektua) finantzatutako azterlan honen xehetasunak Genome Biology and Evolution aldizkarian argitaratu berri den artikuluan daude eskuragarri, esteka honen bidez.
