Los enterococos son patógenos oportunistas presentes en la microbiota intestinal de animales y humanos. En los últimos años, las especies Enterococcus faecium y Enterococcus faecalis figuran entre las principales causas de infecciones nosocomiales multirresistentes en ambientes hospitalarios. Las infecciones causadas por cepas de E. faecium resistentes a vancomicina, para las cuales apenas existen tratamientos efectivos son especialmente preocupantes.
En un esfuerzo por comprender mejor la resistencia antimicrobiana en el ganado vacuno lechero, en el Departamento de Sanidad Animal de NEIKER se ha realizado un estudio longitudinal en cinco granjas de la CAPV durante 16 meses. A partir de muestras fecales de animales de diversos grupos de edad, se identificaron y caracterizaron los perfiles de resistencia fenotípica (Concentración Mínima Inhibitoria) de 126 aislados de Enterococcus procedentes de 535 muestras. Mediante la secuenciación de genomas completos utilizando la tecnología de Oxford Nanopore, el estudio ha ido más allá, adentrándose en su caracterización genotípica. De esta manera, se ha conseguido no solo estudiar la dinámica de diseminación de E. faecium y E. faecalis en las granjas, sino también caracterizar el perfil genético (pangenoma y MLST), los factores de virulencia, y los determinantes genéticos asociados con las resistencias observadas.
Además, el análisis de genomas completos permitió detectar una amplia distribución de Enterococcus lactis, una especie que suele confundirse con E. faecium debido a que las técnicas convencionales no permiten la discriminación entre ambas especies. Ante este hallazgo, en este trabajo se ha desarrollado una nueva PCR a tiempo real para poder distinguir estas dos especies. El estudio reveló que E. lactis es más común que E. faecium en el ganado vacuno lechero, aunque tiene menos genes de resistencia y virulencia. A pesar de ello, E. lactis, una especie generalmente considerada no patógena y con propiedades probióticas, puede portar plásmidos multirresistentes similares a los de E. faecium, de manera que podría actuar como donante de genes de resistencia para otras especies enterocócicas patógenas.
Estos hallazgos subrayan la importancia de una identificación precisa de las especies de Enterococcus y sugieren que E. lactis podría estar jugando un papel no reconocido hasta ahora en la diseminación de resistencia a los antimicrobianos, resaltando la necesidad de reevaluar las prácticas de vigilancia de Enterococcus en el ganado vacuno lechero.
Los detalles de este estudio, financiado por el Departamento de Desarrollo Económico, Sostenibilidad y Medio Ambiente del Gobierno Vasco (Proyecto URAGAN 21-00012), están disponibles en el artículo publicado recientemente en mSpectrum y accesible a través de este enlace.
