En los últimos 10 años ha habido un boom en el número de publicaciones asociadas a la “ómicas” y la medicina de precisión en veterinaria. De hecho, en el departamento de Sanidad Animal de NEIKER, se han incorporado éstas técnicas a varios proyectos que tenemos en marcha. En esta entrada os contaremos cómo la metagenómica proporciona información para ayudar a entender mejor el desarrollo de algunas enfermedades de gran impacto tanto en los animales domésticos como en la fauna silvestre.
INFLUOMA “Estudio del viroma y bacterioma de aves silvestres naturalmente infectadas con el virus de la influenza aviar”
El proyecto INFLUOMA del que se ha hablado en entradas anteriores está centrado en la influenza aviar y pretende profundizar en los mecanismos de resistencia/sensibilidad a la infección por gripe aviar inherentes a las aves. Continúa una línea investigación instaurada desde hace años en NEIKER y que ha demostrado que aves infectadas por el virus están también infectadas en mayor medida con agentes como Salmonella spp. o micobacterias que son patógenos zoonóticos que afectan también a las aves. Se sabe que la composición de las comunidades bacterianas y víricas tiene un efecto primordial en la proliferación de determinados microorganismos, y por ello resulta necesario conocer la patogenia del virus de la influenza en el hospedador y determinar el papel que juegan el bacterioma y viroma presentes en las aves en la evolución de la infección. En este proyecto se está realizando un estudio metagenómico para la identificación de virus y bacterias (respiratorias y digestivas) en diferentes especies de aves silvestres. De esta manera se determinará la microbiota habitual en especies silvestres (ánade azulón, la gaviota reidora, el zorzal común, el estornino negro y el gorrión común) y se verificarán las diferencias en la microbiota atendiendo al hábitat (urbano vs. rural), los movimientos migratorios de las aves y la infección con influenza.
El proyecto proporcionará información útil para la industria avícola y la conservación de la vida silvestre pues determinará qué bacteriomas y viromas se asocian a la salud y a la enfermedad.
MILKBIOTA “Papel de la microbiota de la leche sobre la salud de la ubre, la calidad del calostro y el desarrollo de la microbiota intestinal del ternero”
El proyecto MILKBIOTA, también mencionado en entradas anteriores tiene como objetivo general ahondar en el papel de la microbiota de la leche en el desarrollo de la mamitis y en la salud intestinal de los terneros. Estudios metagenómicos llevados a cabo por otros grupos han descrito que las ubres de vacas sanas se caracterizan por tener una comunidad bacteriana diversa. Se ha postulado que las situaciones que llevan a un desequilibrio de las poblaciones bacterianas, disminuyendo su diversidad, pueden predisponer a los animales al desarrollo de mamitis. Este proyecto combina técnicas microbiológicas, inmunológicas y de secuenciación masiva para caracterizar los cambios en el microbioma de la leche a lo largo de todo el periodo de lactación, además de identificar las diferencias que pueden existir en el microbioma de la leche y calostro en diferentes situaciones (edades, números de partos, mamitis,..etc). Por otra parte, se intenta determinar la microbiota intestinal habitual de los terneros para compararla con la microbiota y la calidad inmunológica del calostro de sus madres, investigando su efecto en la susceptibilidad de los terneros a determinadas enfermedades infecciosas. Por último, también se caracterizará el resistoma (grupos de genes de resistencia a antibióticos) de la leche para investigar las asociaciones entre el consumo de antimicrobianos y la abundancia de diferentes tipos de genes de resistencia en la leche.
El proyecto mejorará nuestra comprensión de la importancia del perfil de la comunidad microbiana de la leche en el desarrollo de la mastitis y la salud de los terneros, siendo de aplicación en la industria lechera.
Fotografía: NEIKER – Sanidad Animal
