Kanpilobakteriosia giza gastroenteritis bakterianoaren kausa nagusia da herrialde industrializatuetan, infekzio horietan inplikazio handiena duten espezieak Campylobacter jejuni eta Campylobacter coli izanik. Campylobacter generoko bakterioak gizakiei transmititzearen erantzule nagusiak etxeko hegaztiak izan arren, behi-aziendak ere zeregin garrantzitsua du gordailu gisa. Transmisioa kutsatutako elikagaiak edo ura kontsumitzeagatik edo animaliekin edo hauen gorozkiekin kontaktu zuzena izateagatik gertatzen da. Antimikrobianoekiko erresistenteak diren Campylobacter spp. anduiak kezkagarriak dira, infekzioak tratatzeko aukerak arriskuan jartzearren. Fluorokinolonak eta tetraziklinak, askotan beherakoa tratatzeko agintzen diren antibiotikoak, eraginkortasuna murriztu dute erresistentzia maila altuen ondorioz. Hori dela eta, makrolidoak dira gaur egun laborategian baieztatutako kanpilobakteriosi larrien kasuak tratatzeko aukeratu beharreko antimikrobianoak. NEIKEReko Animalien Osasun Sailak aldez aurretik Euskal Autonomia Erkidegoko (EAE) ustiategietan egindako ikerlan epidemiologikoek erakutsi zuten esnetarako behi-azienda Campylobacter-en gordailu garrantzitsua dela, eta garrantzi mediko kritikoa duten antimikrobianoen aurkako erresistentziaren prebalentzia, fluorokinolonena kasu, handitzen ari dela, makrolidoekiko erresistentziak txikia izaten jarraitzen duen bitartean.
Campylobacter generoko bakterioen genotipo erresistenteen aniztasuna eta ustiategien barruko barreiatze-dinamika ikertzeko, azterketa longitudinal bat egin zen EAEko esnetarako behien 5 ustiategitan 16 hilabetez. Horretarako, hainbat adin-taldetako animalien gorozkietatik (txahalak, bigantxak eta edoskitzaroan dauden behiak) eratorritako bakterio isolatuak karakterizatu ziren bai antimikrobianoekiko sentikortasun-proba fenotipikoak erabiliz, hala nola Gutxieneko Kontzentrazio Inhibitzailea, bai eta genotipikoak, hala nola genoma osoaren sekuentziazioa. Genomen sekuentziaziorako, zati luzeak sekuentziatzeko Oxford Nanopore teknologia erabili zen, bakterioen genomak (kromosoma eta plasmidoak) mihiztatzea eta zirkularizatzea errazten duena; horrela, antimikrobianoen aurkako erresistentziako geneen kokapenari buruzko informazio zehatza lortu zen.
C. jejuni adin-talde guztietan isolatu zen, aldiz, C. coli bitan bakarrik. Isolatu batzuetan (170 C. jejuni eta 37 C. coli) haien erresistentzia fenotipikoa zehaztu zen, eta erresistentzia-tasa altuagoak ikusi ziren alde batetik, C. coli isolatuetan C. jejuni isolatuetan baino, eta bestalde txahaletatik eratorritako isolatuetan, animalia helduetatik eratorritakoetan baino. Gainera, bi ustiategitako 56 isolaturen (36 C. jejuni eta 20 C. coli) genoma osoa sekuentziatu zen. Ustiategien barruko Campylobacter-en genotipo zirkulatzaileen aniztasuna eta Campylobacter erresistentearen transmisio-dinamika ikertzeko pangenoma, MLST patroiak (Multilocus Sequencing Typing), erresistentzia-determinatzaile genetikoen banaketa eta birulentzia-faktoreak erabili ziren. Denboran zehar egindako jarraipenari esker, antimikrobianoen aurkako erresistentzia-profiletan gertatutako aldaketak detektatu ahal izan ziren eta ikerketan zehar genotipo desberdinak agertu zirela behatu ahal izan zen. Horrela, genotipo batzuek ikerketa osoan zehar iraun zutela, eta beste batzuk, berriz, noizean behin baino detektatu ez zirela ikusi zen. Isolatuen arteko erresistentzia-geneen trukea eta zelula-barneko mutazio puntualak identifikatu ziren aztertutako behi-azienden barruan hedatu ziren genotipo erresistenteak agertzea eragin zuten prozesutzat. Esnetarako behi-azienden haztegietan ageri diren C. jejuni eta C. coli espezieetan antimikrobianoekiko erresistentzia eskuratzeko eta hedatzeko dinamika ulertzea lagungarria izan daiteke ustiategietako kudeaketa-praktiketan gomendio-jarraibideak ezartzeko.
Emaitza horiek xehetasun gehiagorekin kontsulta daitezke argitaratu berri den artikuluan hurregno estekan. Ikerlan hau Eusko Jaurlaritzako Ekonomiaren Garapen, Jasangarritasun eta Ingurumen Sailak finantzatua izan da (URAGAN 21-00012 proiektua).
